200 χρόνια μετά την ολοκλήρωση του Alien 3, η εταιρεία είναι σε θέση να αναστήσει Ripley μέσα από τη διαδικασία της κλωνοποίησης και οι επιστήμονες λαμβάνουν με επιτυχία τη βασίλισσα Alien από μέσα της. Όμως, το DNA του Ripley μπερδεύεται με τη βασίλισσα και εκείνη αρχίζει να αναπτύσσει ορισμένα ξένα χαρακτηριστικά. Οι επιστήμονες αρχίζουν αναπαραγωγής των αλλοδαπών, αλλά αργότερα ξεφύγουν. Σύντομα ο Xeno-morphs τρέχουν αμόκ στο πλοίο, το οποίο είναι σε καλό δρόμο για τη γη. Η Βασίλισσα στη συνέχεια δίνει τη γέννηση σε μια θανάσιμη νέα φυλή εξωγήινων, η οποία θα μπορούσε να σημάνει καταστροφή για ολόκληρη την ανθρωπότητα. Είναι στο χέρι Ripley και μια μπάντα των πειρατών χώρο για να σταματήσει το πλοίο πριν φτάσει στη γη.